Au jour prévu pour la deuxième apparition, les voyants se rencontrèrent à la Cova da Iria, où s’étaient rassemblés près de cinquante curieux, hommes et femmes. Immédiatement avant que Lucie ne commence à parler avec Notre-Dame, quelques-uns observèrent que la lumière du soleil faiblissait, bien que le ciel demeurât sans nuage. D’autres prétendirent que la cime du chêne vert, couverte de pousses, avait paru se courber comme sous l’effet d’un poids. Puis, selon un témoin oculaire, les personnes présentes auraient entendu quelque chose ressemblant à « un murmure de voix, comme un bourdonnement d’abeilles. »

Sœur Lucie décrit ainsi l’événement :

« Après avoir récité le chapelet avec Jacinthe, François et d’autres personnes qui étaient présentes, nous avons vu de nouveau le reflet de la lumière qui s’approchait (ce que nous appelions éclair) et, ensuite, Notre-Dame est apparue au-dessus du chêne, en tous points identiques [à l’apparition] au mois de mai.

— Madame, que voulez-vous de moi? ai-je demandé.

— Je veux que vous veniez ici le treize du mois prochain, que vous récitiez le chapelet tous les jours et que vous appreniez à lire. Ensuite, je vous dirai ce que je veux.

Je demandai la guérison d’un malade.

— S’il se convertit, il sera guéri pendant l’année.

— Je voudrais vous demander de nous emmener au Ciel.

— Oui, j’y amènerai bientôt Jacinthe et François, mais toi, tu resteras ici encore un certain temps. Jésus veut se servir de toi afin de me faire connaître et aimer. Il veut établir dans le monde la dévotion à mon Cœur Immaculé. À ceux qui l’embrasseront, je promets le salut; et ces âmes seront aimées de Dieu, comme des fleurs disposées par moi pour orner son trône.

— Je vais demeurer ici toute seule?

— Non, ma fille. Souffres-tu beaucoup? Ne perd pas courage. Jamais je ne t’abandonnerai. Mon Cœur Immaculé sera ton refuge et le chemin qui te conduira jusqu’à Dieu.

Ce fut au moment où Elle prononça ces dernières paroles qu’Elle ouvrit les mains et nous communiqua, pour la seconde fois, le reflet de cette lumière immense. En elle, nous nous vîmes comme immergés en Dieu. Jacinthe et François semblaient faire partie de cette lumière qui s’élevait vers le ciel, et moi de celle qui se répandait sur la terre. Devant la paume de la main droite de Notre-Dame se trouvait un Cœur entouré d’épines qui semblaient s’y enfoncer. Nous avons compris que c’était le Cœur Immaculé de Marie, outragé par les péchés de l’humanité, qui demandait réparation. »

Peu à peu, la vision s’évanouit devant les yeux émerveillés des trois petits bergers. Alors, la Dame, toujours resplendissante de lumière, commença à s’élever au-dessus de l’arbuste et, montant doucement par le chemin lumineux que son incomparable éclat semblait ouvrir dans le firmament, Elle se retira vers l’est jusqu’à disparaître totalement.

Du regard, les voyants l’accompagnèrent avec ravissement et Lucie cria aux assistants :

— Si vous voulez la voir, regardez… Elle s’en va…

Quelques personnes, qui se tenaient debout à proximité, observèrent que les pousses au sommet du chêne étaient tournées dans la même direction que celle indiquée par Lucie, comme si les vêtements de la Dame, en les frôlant, les avaient attirées et couchées quand Elle était partie. Elles ne reprirent leur position normale qu’au bout de quelques heures.

Une fois la vision entièrement disparue, Lucie s’exclama :

— Voilà! Je ne la vois plus maintenant; Elle est déjà entrée au Ciel; les portes se ferment déjà.

Le public qui était présent, même s’il n’avait pas vu Notre-Dame, comprit qu’il venait de se passer un événement extraordinaire et surnaturel. Quelques-uns commencèrent à cueillir de petites branches et des feuilles à la cime du chêne vert, mais ils furent tout de suite avertis par Lucie de ne prendre que celles du bas, que Notre-Dame n’avait pas touchées.

Sur le chemin du retour, tous allaient en priant le chapelet, à la louange de l’auguste Dame qui avait daigné descendre du ciel en cette région perdue du Portugal…